SOS - ESPÍRITO SANTO

Como ajudar as vítimas da enchente no Espírito Santo.

quinta-feira, 27 de maio de 2010

Vida sintética e artificialismos

ResearchBlogging.orgDeu-se grande destaque na semana que passou para o anúncio da obtenção das primeiras células bacterianas com genoma totalmente sintetizados em laboratório.

O feito foi conseguido pela equipe de Craig Venter - que até o início da década era pintado como um vilão capitalista por criar uma iniciativa privada, a Celera, concorrente do Projeto Genoma Humano (parte dessa imagem foi amenizada quando ele decidiu abrir para os pesquisadores do mundo todo as sequências dos genomas que sua iniciativa havia completado). O artigo científico de Gibson et al. 2010 em que o grupo descreve a realização está disponível gratuitamente no sítio web da revista Science.

Antes de avançar na análise do que foi obtido e como a imprensa o recepcionou, abro um parênteses para a patrulha purista vocabular.

Logo após o resumo, as frases iniciais do primeiro parágrafo do artigo são: "In 1977, Sanger and colleagues determined the complete genetic code of phage fX174 (1), the first DNA genome to be completely sequenced. Eighteen years later, in 1995, our team was able to read the first complete genetic code of a selfreplicating bacterium, Haemophilus influenzae (2). Reading the genetic code of a wide range of species has increased exponentially from these early studies" [grifos meus.]

A expressão "genetic code" está obviamente empregada em um sentido incorreto: de sequência gênica, genoma ou material genético. É supreendente que tal erro seja cometido em um artigo científico publicado em uma revista altamente conceituada. Ainda mais por um grupo especializado e certamente qualificado - são 24 autores que assinam o texto, nenhum deles parece ter detectado a falha. Comida de bola total de Venter e cia., dos revisores e da própria revista. (Craig Venter redimiu todos os jornalistas de ciências que usam a expressão 'código genético' do mesmo modo equivocado.)

O que tenho a dizer de resto foi muito bem, aham, sintetizado por Rafael Soares no blogue RNAm. Tatiana Nahas, no Ciência na Mídia também comenta sobre a bactéria "sintética". *Além de Gabriel Cunha, no Ciensinando.

O que foi feito? Usando técnicas avançadas de biotecnologia, os cientistas sintetizaram em laboratório o genoma da bactéria Mycoplasma mycoides. A escolha dessa espécie é pelo tamanho do genoma - 1,08 milhão de pares de base, tornando-o um dos menores genomas conhecidos (o que facilita em muito a complicada tarefa de produzi-la artificialmente. Além disso, o genoma das bactérias está organizado em modo relativamente simples: um anel circular de ADN sem o complexo de proteínas presentes no genoma dos eucariotos. Esse genoma artificial foi implantado em uma célula de uma espécie próxima: M. capricolum - antes, claro, o genoma original foi removido.

Para verificar se as novas células obtidas foram mesmo resultado da introdução do genoma sintético - e não algum contaminante natural -, neste foram introduzidos sequências que não estão presentes nos genomas naturais: os autores chamaram de marcas d'água (watermark) - como as presentes nas notas de dinheiro como mecanismo antifraude -, mas que poderiam ser denominadas de etiquetas gênicas (tags). (Introduziram também sequências que conferem resistência à antibióticos, para facilitar a separação das células - eliminando as células que não incorporaram o genoma sintético, sem resistência.)

A nova célula funcionava normalmente. As proteínas originais de M. capricolum expressaram o genoma sintético de M. mycoides, as células se dividiram e gradativamente as proteínas de M. mycoides substituíram as de M. capricolum, convertendo totalmente a célula em uma célula de M. mycoides.

A imprensa foi razoável em descrever todo o processo (e.g. Estadão, BBC via UOL), mas faltou a contextualização histórica - a impressão que se dá é que isso foi alcançado em um repente (mesmo que se diga que foram 15 anos e 40 milhões de dólares - isso não foi investido em um único projeto, houve diversos passos intermediários da própria equipe, além de descobertas e realizações de vários outros grupos).

O próprio artigo de Gibson et al. 2010 diz que o primeiro passo foi o sequenciamento em 1995 do genoma completo de Mycoplasma genitalium - uma outra espécie ainda com um genoma ainda menor (cerca de 580 mil pares de base) -, mas falha em dar uma melhor recapitulação de todo o processo. Em 2008, a mesma equipe na mesma Science, publicou um trabalho em que relatava a obtenção de genoma sintético da M. genitalium usando a mesma técnica (Gibson et al. 2008). Em 2007, o grupo de Venter (também na Science) publicou um artigo em que descrevia o transplante bem sucedido do genoma natural de uma espécie de bactéria para a célula de outra (também com o genoma removido previamente) - as duas utilizadas na pesquisa publicada agora (e nos mesmos papéis de doadora e receptora) - com a transformação da célula para a da espécie doadora do material genético (Lartigue et al. 2007). (Esse passo nem é tão impressionante, já que em 1934, o mesmo foi feito por Hämmerling com o transplante de núcleo de uma espécie de Acetabularia para outra.)

O trabalho atual, complexo e merecedor de créditos o quanto seja, não é um raio que cai em uma manhã de céu azul. Faz parte de um programa de pesquisa e desenvolvimento. E nem é o ápice desse processo: o passo natural seguinte é implantar o genoma em uma célula com uma membrana artificialmente produzida. Versões simplificadas são produzidas rotineiramente - vesículas se formam espontaneamente quando fosfolipídios são colocados em meio aquoso. O caminho adotado por Venter e colaboradores é o que se chama de "top-down" (de cima para baixo): partindo-se de estruturas preexistentes para produzir vida sintética. Uma abordagem alternativa é o "bottom-up" (de baixo para cima), que procura produzir vida sintética a partir do zero - e não por modificação de organismos atuais.

Vida totalmente sintética será alcançada quando se utilizarem genomas não apenas sintetizados em laboratório, usando-se as sequências de genomas naturais, mas também em que as próprias sequências sejam desenhadas do zero em laboratório: sem homólogos na natureza.

Podemos dizer que é um momento histórico, como sugere o filósofo Mark Bedau, mas não mais do que os passos anteriores ou os passos seguintes. A expressão "brincar de Deus" e similares é desgastada e vazia de significado. Não se trata de milagre, mas de um trabalho dedicado com base em processos naturais e guiado pelo conhecimento científico acumulado. O Vaticano saudou como "uma grande descoberta" - e, que concordemos que seja grande, não se trata de nenhuma descoberta, é uma realização técnica feita a partir do que já se sabia, não se trata de se desvendar um processo anteriormente desconhecido. O presidente americano, Barack Obama, pediu estudos sobre as implicações da criação de células sintéticas - a preocupação é válida, mas ela deve estar presente em *qualquer* tipo de manipulação de formas de vida (células sintéticas eventualmente poderão ser utilizadas como armas biológicas, mas o mesmo com patógenos naturais conhecidos).

*Também é interessante analisar o que diz Fernando Reinach no Estadão:
"Minha impressão inicial é que esse experimento demonstra definitivamente que toda a informação necessária para criar um ser vivo pode ser guardada em um arquivo de computador". Essa frase causaria coceiras em Marcelo Leite, e eu tendo a discordar dessa impressão inicial de Reinach - especialmente ao se acrescentar a expressão "definitivamente". É importante ressaltar que esse feito foi realizado com um organismo relativamente simples. Como apontado nos comentários desta postagem e também por Rafael Soares no RNAm, com células eucarióticas, o desafio já é bem mais complexo: organelas diversas, cromossomos segmentados e com várias estruturas (centrômeros, telômeros, complexos de histonas...), padrões de metilação e com tamanho de bilhões de pares de base - tornam o desafio vários degraus acima do que Venter e cia. alcançaram agora. E, mais, todos os morfógenos presentes na célula-ovo, além dos sinais ambientais necessários ao desenvolvimento de organismos multicelulares. Seguramente nem toda informação na produção de um organismo - especialmente os mais complexos - estão no genoma (se não por outra coisa, basta pensarmos que gêmeos univitelinos não são exatamente iguais - mesmo descontando-se eventuais mutações somáticas que os diferenciem).

Referências
Gibson, D., Benders, G., Andrews-Pfannkoch, C., Denisova, E., Baden-Tillson, H., Zaveri, J., Stockwell, T., Brownley, A., Thomas, D., Algire, M., Merryman, C., Young, L., Noskov, V., Glass, J., Venter, J., Hutchison, C., & Smith, H. (2008). Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome Science, 319 (5867), 1215-1220 DOI: 10.1126/science.1151721

Gibson, D., Glass, J., Lartigue, C., Noskov, V., Chuang, R., Algire, M., Benders, G., Montague, M., Ma, L., Moodie, M., Merryman, C., Vashee, S., Krishnakumar, R., Assad-Garcia, N., Andrews-Pfannkoch, C., Denisova, E., Young, L., Qi, Z., Segall-Shapiro, T., Calvey, C., Parmar, P., Hutchison, C., Smith, H., & Venter, J. (2010). Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome Science DOI: 10.1126/science.1190719

Hämmerling, J. 1934. Über formbildende Substanzen bei Acetabularia mediterranea, ihre räumliche und zeitliche Verteilung und ihre Herkunft. Wilhelm Roux'Archiv für Entwicklungsmechanik der Organismen 131: 1-81.

Lartigue, C., Glass, J., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P., Hutchison, C., Smith, H., & Venter, J. (2007). Genome Transplantation in Bacteria: Changing One Species to Another Science, 317 (5838), 632-638 DOI: 10.1126/science.1144622


*Upideite(27/mai/2010): adicionados a esta data.

terça-feira, 25 de maio de 2010

Por que pesquiso? 6

Mais um comentário de um leitor do GR e mais duas respostas de nobelistas.

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Felipe Beijamini do Sonhos do Neuro

"Tentando responder a pergunta do tópico, de modo sucinto:

Após a tão comentada crise 'pós mestrado' fui para o mercado de trabalho, vivi o suficiente da vida de professor, mas em momento algum consegui me desligar da academia, permaneci acompanhando os grupos de estudo, participando das discussões de resultados, lendo e bolando perguntas. Até que um dia bolei a pergunta, ao MEU ver, forte o suficiente para se transformar no meu projeto de doutorado.
Sendo assim, pesquiso para TENTAR responder perguntas."

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John C. Mather, Nobel de Física de 2006

"I don’t think I can answer any better than Jack Szostak!"

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Ada E. Yonath, Nobel de Química de 2009

"Questions 1 and 2 are general and I cannot provide any original/personal comments to them, unless I write a comprehensive article... The answer to question 3: I am a curious person, who wishes to understand the secrets of nature."
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terça-feira, 18 de maio de 2010

Instituto Butantan: tragédia anunciada

Seguem trechos da nota conjunta dos professores Hussam Zaher e Miguel Trefaut sobre o incêndio que atingiu o Instituto Butantan no último sábado e destruiu sua coleção de serpentes e artrópodos.

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[...]
Infelizmente, esta foi uma tragédia anunciada pois a coleção carecia de condições de segurança adequadas. Uma situação nunca resolvida, apesar dos inúmeros alertas feitos por pesquisadores.
[...]
Lamentamos profundamente o ocorrido e esperamos que o País passe a dar atenção devida às nossas coleções. [...] Coleções centenárias como as do Museu de Zoologia da USP, Museu Nacional da UFRJ e Museu Goeldi, no Pará, carecem de prédios adequados, e estão na mesma situação de risco.

Sem esta tomada de consciência, de nada vale ostentarmos o título de país detentor da maior biodiversidade do planeta. Perdemos nessa tragédia parte importante da memória nacional e a chave para compreender muito de nosso passado e nosso futuro. É fútil falar em preservar a biodiversidade se não assumirmos que nossos museus precisam de condições adequadas para que o seu patrimônio não encontre o mesmo destino das coleções do Butantã. Que essa tragédia sirva de lição.

Hussam Zaher, diretor do Museu de Zoologia da USP.
Miguel Trefaut Rodrigues, professor do Instituto de Biociências da USP.
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Upideite(21/mai/2010): Resistirei ao trocadilho óbvio sobre "pegar fogo", mas uma discussão bastante acrimoniosa foi instalada depois das declarações do ex-presidente da Fundação Butantan, Isaías Raw. Aqui tem mais informações. Questões obscuras finalmente começam a vir à tona. Aguardemos.

sábado, 15 de maio de 2010

Patrulha purista vocabular 7

Arqueologia x Paleontologia

A Arqueologia é um ramo das ciências ligado à História, ela lida com restos materiais (designados artefatos quando produzidos pelos seres humanos) de civilizações antigas (embora o ramo da Arqueologia Histórica lide também com civilizações modernas, utilizando as técnicas arqueológicas - como estudar o comportamento do homem moderno a partir de escavações em aterros e lixões). Saiba mais aqui. (Não há uma divisão exata, mas o tempo remoto com que ela lida é de milênios ou algumas dezenas de milênios.)

A Paleontologia é um ramo das ciências ligado à Biologia e à Geologia, ela lida com restos de organismos pré-históricos: fósseis quando se trata de restos do próprio organismos (ossos, folhas, sementes, impressões do corpo, organismos em âmbar...) e icnofósseis quando se trata de vestígios da ação dos organismos (tubos escavados, pegadas e, tradicionalmente, ovos, entre outros). Saiba mais aqui. (Tipicamente, a paleontologia lida com o tempo de centenas de milhares de anos a bilhões de anos.)

Encontre o erro
Notícia da Associated Press: "Recent fossil discoveries that showed feathers on some of the early flying animals, like the well-known Archaeopteryx, created a bit of a flap in the archaeological world." (O trecho também dá a impressão de que a descoberta do Archeopteryx seja recente, mas o primeiro espécime - vide abaixo - foi descrito em 1861, pouco depois da publicação original de "A Origem das Espécies", de Darwin.)

Espécie x Espécime

Espécie é o nome que se dá a um grupo de organismos parecidos entre si - pelo Conceito Biológico de Espécies, refere-se a membros de populações que podem cruzar-se livremente entre si, produzindo descendentes viáveis (naturalmente aplicando-se a grupos de reprodução sexuada).

Espécime ou espécimen é um exemplar. Quando se trata de espécime biológico, geralmente é um indivíduo, ou parte dele, catalogado em coleção de museu.

Encontre o erro
Notícia (triste) da Folha Online*: "Incêndio pode ter destruído acervo de 70 mil espécies de répteis do Instituto Butantan./O balanço de prejuízos ainda não foi concluído, mas o curador Francisco Franco afirmou em entrevista à TV Globo que podem ter sido destruídas mais de 70 mil espécies de serpentes." (Detalhe, no mundo existem cerca de 1,2 milhão de espécies - considerando-se animais, plantas, fungos, microorganismos... - descritas. De répteis são cerca de 6.300 espécies.)

*Upideite(18/mai/2010): Felizmente, corrigiram o erro. Mas no G1 há o mesmo problema.

terça-feira, 11 de maio de 2010

Por que pesquiso? 5

Perguntei a alguns nobelistas sobre as motivações pessoais para pesquisar e a importância das ciências. O primeiro a responder foi Jack W. Szostak (um dos vencedores do Nobel de Medicina de 2009):

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GR: What is science? [O que é ciência?]

JS: Science is the ongoing effort to learn more about how our world works, through continuous exploration and careful testing of our ideas. By our world I mean everything from the physical universe to ourselves. [A ciência é um esforço em curso para se aprender mais sobre como nosso mundo funciona, através da exploração contínua e testes cuidadosos de nossas ideias. Por nosso mundo quero dizer tudo: do universo físico a nós mesmos.]

GR: How and why is science important to people in general? [Como e por que a ciência é importante para as pessoas em geral?]

JS: There are many reasons, from the practical (medicine, technology) to the more fundamental, such as the development of a rational approach to understanding how we came to exist and how we should act and live. Science enables us to live without superstition, and teaches us to live in a thoughtful manner, questioning ideas that others may wish us to accept without thinking. [Há várias razões, das práticas (medicina, tecnologia) às mais fundamentais, como o desenvolvimento de uma abordagem racional para compreender como viemos a existir e como devemos agir e viver. A ciência nos permite viver sem superstições e nos ensina a viver de um modo pleno, questionando ideias que outros podem querer nos fazer aceitar sem questionamentos.]

GR: What is your personal motivation to do scientific research? [Qual sua motivação pessoal para fazer pesquisa científica?]

JS: Its a lot of fun trying to figure out how some aspect of nature works, and actually making a discovery and gaining a new understanding is very exciting. [É muito divertido imaginar como alguns aspectos da natureza funcionam e fazer uma descoberta de verdade chegando a um novo entendimento é muito excitante.]
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Fiquem à vontade para fazer comentários, incluindo reparos sobre meu "broken english".

domingo, 9 de maio de 2010

Por que pesquiso? 4

Mais dois comentários à minha postagem sobre o tema. Outros comentários aqui.

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Mauro
"Não é apenas a ciência que é contraditória, mas toda a natureza de maneira geral é contraditória. Vejo como esse sendo o 'motor' da curiosidade humana e realização da pesquisa."

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Mônica Lobo, do Comendo com os Olhos
"É, também sofri dessa crise pós-mestrado. Não por questionar se o que eu fazia tinha sentido/importância ou não. Pesquisar é algo que sempre quis fazer, desde criancinha (rsrs). Sou muito interessada em ciência de maneira geral. E não gosto de usar a palavra "curiosidade" por ciência porque sempre me dá a sensação de ser algo volúvel... Sou até fiel demais (quanta nerdice!).Trabalhei com pesquisa básica...

Sei bem dessa coisa de desmistificar a figura do pesquisador, embora não precise fazer isso com muita frequência porque a maioria dos meus amigos fazem pesquisa.

Só posso dizer que é algo que não vivo sem. Sou nutricionista e tentei trabalhar em empresa, consultório depois do mestrado, mas o comichão da pesquisa sempre aparecia. É um chamado irresistível. Eu fugia e para onde quer que eu fosse, acabava voltando pra pesquisa.

Hoje faço doutorado fora da área que trabalhei no mestrado e estou feliz. Não era pesquisar que estava errado, era o tipo de pesquisa que eu tinha escolhido.

Seja lá porque for que trabalhamos com ciência, deve ser culpa de alguma mutação genética ou algo do tipo. rsrsrsrs"

Upideite(10/mai/2010): Mônica Lobo faz um acréscimo nos comentários:
"Aproveito pra acrescentar aqui um comentário meu no Ciência na mídia, num texto em que se pergunta: qual a importância da ciência? Acho que tem a ver com o questionamento: Por que pesquiso?

Nem saberia dizer ao certo em termos de definições. Só sei que desde pequena queria saber o que havia de misterioso contido em tudo que existe. São os fenômenos que observamos e que nos seduzem a querer devendar seus ingredientes para talvez reproduzi-los ou mesmo compreende-los. Acredito que o entedimento do que nos é externo ou mesmo interno, daquilo que não nos parece claro, é um impulso de interagir com a natureza da qual fazemos parte, assim, nos sentimos racionalmente incluídos. Mais, nos sentimos acolhidos e munidos de ferramentas para nos proteger de tudo que nos amedontra. Porque o que nos cerca e mesmo o que somos, nos fascina e apavora também. Acaba sendo a ciência a busca da ciência de si mesmo enquanto resultado da natureza e modificador dela."
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sábado, 8 de maio de 2010

Por que pesquiso? - 3

Physics is like sex: Sure, it may give some practical results but that’s not why we do it.
Richard Feynman

Há algum tempo provoquei o pessoal do ScienceBlogs Brasil via formspring:

Como ordenariam? - "Fazer ciência é": "produzir conhecimento", "ajudar os outros", "divertido", "um modo de ganhar dinheiro". (Não vale citar Feynman sobre sexo e bebês.)

Responderam de um modo bem-humorado:
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O que o cientista acha:
1- "divertido"
2- "produzir conhecimento"
3- "ajudar os outros"
4- "um modo de ganhar dinheiro"

O que o cientista diz para as pessoas:
1- "produzir conhecimento"
2- "ajudar os outros"
3- "um modo de ganhar dinheiro"
4- "divertido"

O que o cientista escreve nos projetos:
1- "ajudar os outros"
2- "produzir conhecimento"
3- "um modo de ganhar dinheiro"
4- "divertido"

O que a população acha:
1- "ajudar os outros"
2- "um modo de ganhar dinheiro"
3- "produzir conhecimento"
4- "divertido"
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sexta-feira, 7 de maio de 2010

Neandersapiens?

ResearchBlogging.orgEquipe liderada por Svante Pääbo publicou um artigo esta semana na revista Science sobre o genoma parcial de neandertais (um rascunho de mais de 3 bilhões de pares de base dos prováveis mais de 4 bilhões de pares base que compunham o genoma neandertal). (Green et al. 2010.)

O material genético foi recuperado de fragmentos de ossos de quatro localidades européias indicadas no mapa abaixo.


View Neanderthal in a larger map

Procedimentos foram tomados para se evitar a contaminação especialmente por material genético de humanos modernos.

A maior parte do genoma foi produzida pela composição das sequências obtidas de 21 fragmentos de ossos retirados da caverna Vindija (Croácia) - que correspondiam provavelmente a três fêmeas (análise do ADN mitocondrial mostrava que eram indivíduos distintos e ausência de sequências típicas de cromossomos Y hominídeos sugere que sejam mulheres). Análise de radiocarbono indica que os materiais da caverna tenham de 44.450 (+/-550) a 38.310 anos (+/- 2.130 anos). De outras três localidades, um sequenciamento parcial foi feito (o material da caverna Mezmaiskaya é mais antigo, entre 60.000 e 70.000 anos).

E comparararam-se as sequências obtidas com os genomas de seres humanos atuais: 2 euroamericanos, dois do leste da Ásia e quatro africanos ocidentais e de chimpanzé. Sem surpresas, o genoma neandertal é mais parecido com o de humanos do que com o de chimpanzé. Mas algumas sequências são mais parecidas com de asiáticos e euroamericanos do que com de africanos.

Isso quer dizer que os neandertais estão aninhados dentro da espécie humana? Não. Pois a maior parte das sequências dos euroasiáticos são mais parecidas com as dos africanos do que com as dos neandertais.

Os autores do artigo interpretam a presença de algumas sequências parecidas com as dos neandertais em euroasiáticos como uma transferência horizontal de genes - dada a quantidade, pouco provável que seja por meio de vetores como vírus (que se sabe promover a transferência de pequenas sequências isoladamente). A sugestão é que tenha ocorrido um cruzamento. E como não está presente no genoma dos africanos amostrados, esse cruzamento teria ocorrido já quando as duas espécies: Homo sapiens e Homo neandertalensis tinham divergido. Cruzamentos interespecíficos não são inéditos: todo mundo sabe de mulas produzidas pela cruza de cavalos e jumentas (ou de jumentos e éguas), zébrulos e zebróides (entre zebras machos e éguas ou cavalos e zebras fêmeas), patureba (pato com marrecas), tileões ou ligres (leões e tigrezas, tigres e leoas). Mas são incomuns e quase sempre fruto de condições artificiais. Incomuns, porém detectados ocasionalmente na natureza: um indivíduo abatido era híbrido de urso pardo com urso polar; e a hibridação de lobos vermelhos com coiotes têm ameaçado ainda mais a já pequena população dos primeiros (Adams et al. 2007).

A ideia da hibridação entre humanos e outras espécies de homininos (em particular com neandertais) não é novidade. P.e., pelo menos um estudo (polêmico, claro) da morfologia de ossos sugeriu que apresentava características de humanos modernos e neandertais (Duarte et al. 1999; Tattersall & Schwartz 1999). A equipe de Bruce Lahn (Evans et al. 2006), estudando formas variantes do gene microcefalina 1, detectou que o haplogrupo D ocorria apenas em populações não africanas e, mais, pelo relógio molecular, sua origem seria por volta de 37.000 anos atrás - sugeriu-se que ele teria sido introduzido a partir de cruzamento com neandertais.

Os achados de Green e colaboradores não confirmam a hipótese ousada da equipe de Lahn, no entanto. Haplótipos D da microcephalina não foram detectados nas sequências dos neandertais.

Mas por que seria cruzamento e não um simples partilhamento de variantes genéticas por ancestralidade em comum - com os africanos perdendo essas variantes? Essa hipótese é enfraquecida pelo fato de serem vários genes - se fosse apenas um ou uns poucos, a deriva genética poderia explicar (mas como sob deriva a direção do aumento ou diminuição de frequência entre os diferentes genes é independente, é difícil de considerá-la quando vários genes não ligados adotam a mesma direção). Isso também diminui as chances do resultado ser pelo pequeno número de indivíduos amostrados. Seleção diferencial contra esses genes nas populações africanas? Não é impossível, mas a variação das funções envolvidas: as variantes genéticas compartilhadas entre neandertais e euroasiáticos estão envolvidas no metabolismo, desenvolvimento esqueletal e atividades cognitivas - também enfraquece a hipótese.

Em sendo cruzamento, como isso se deu? Reinaldo José Lopes imagina uma cena romântica. Mas não é preciso que tenha sido assim: o rapto e estupro são atividades muito comuns entre os humanos. O fato de análise de ADN mitocondrial, em geral, não indicar contribuição neandertal (Serre et al. 2004 - note-se que esse trabalho é também do grupo de Pääbo) pode se dar pelo fato da contribuição ter se dado pela via patrilinear. Seria preciso analisar os genes do cromossomo Y para testar essa hipótese - infelizmente os ossos de Vindija (a partir dos quais se reconstituiu a maior do genoma neandertal) são todos de fêmeas. Entre as populações humanas atuais, o padrão de distribuição dos haplogrupos do cromossomo Y parece consistente com essa direcionalidade. Um dos próximos passos é se analisar o material genético de neandertais machos.

O site da revista Science mantém uma seção especial sobre o genoma neandertal.

Referências
Adams, J., Lucash, C., Scutte, L., & Waits, L. (2007). Locating hybrid individuals in the red wolf (Canis rufus) experimental population area using a spatially targeted sampling strategy and faecal DNA genotyping Molecular Ecology, 16 (9), 1823-1834 DOI: 10.1111/j.1365-294X.2007.03270.x

Duarte, C. et al. (1999). The early Upper Paleolithic human skeleton from the Abrigo do Lagar Velho (Portugal) and modern human emergence in Iberia Proceedings of the National Academy of Sciences, 96 (13), 7604-7609 DOI: 10.1073/pnas.96.13.7604

Evans PD, Mekel-Bobrov N, Vallender EJ, Hudson RR, & Lahn BT (2006). Evidence that the adaptive allele of the brain size gene microcephalin introgressed into Homo sapiens from an archaic Homo lineage. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 103 (48), 18178-83 PMID: 17090677

Green, R., Krause, J., Briggs, A., Maricic, T., Stenzel, U., Kircher, M., Patterson, N., Li, H., Zhai, W., Fritz, M., Hansen, N., Durand, E., Malaspinas, A., Jensen, J., Marques-Bonet, T., Alkan, C., Prufer, K., Meyer, M., Burbano, H., Good, J., Schultz, R., Aximu-Petri, A., Butthof, A., Hober, B., Hoffner, B., Siegemund, M., Weihmann, A., Nusbaum, C., Lander, E., Russ, C., Novod, N., Affourtit, J., Egholm, M., Verna, C., Rudan, P., Brajkovic, D., Kucan, Z., Gusic, I., Doronichev, V., Golovanova, L., Lalueza-Fox, C., de la Rasilla, M., Fortea, J., Rosas, A., Schmitz, R., Johnson, P., Eichler, E., Falush, D., Birney, E., Mullikin, J., Slatkin, M., Nielsen, R., Kelso, J., Lachmann, M., Reich, D., & Paabo, S. (2010). A Draft Sequence of the Neandertal Genome Science, 328 (5979), 710-722 DOI: 10.1126/science.1188021

Serre, D., Langaney, A., Chech, M., Teschler-Nicola, M., Paunovic, M., Mennecier, P., Hofreiter, M., Possnert, G., & Pääbo, S. (2004). No Evidence of Neandertal mtDNA Contribution to Early Modern Humans PLoS Biology, 2 (3) DOI: 10.1371/journal.pbio.0020057

Tattersall I, & Schwartz JH (1999). Hominids and hybrids: the place of Neanderthals in human evolution. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 96 (13), 7117-9 PMID: 10377375

quinta-feira, 6 de maio de 2010

Por que pesquiso? - 2

Minhas perguntas algo confusas sobre as motivações pessoais a se fazer ciência levantaram algumas respostas muito interessantes nos comentários. Subo-as aqui.

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Fernando 'Joey Salgado' Bartoloni, do Joey Salgado, mas bem temperado
"Bom, mesmo tendo em vista que seu texto aborda a questão de forma retórica, não posso deixar de compartilhar minha motivação para entrar na pós-graduação: sinto-me bem fazendo pesquisa.

E na verdade, acho que me sentiria bem fazendo pesquisa em diversas áreas diferentes, até mesmo fora da Química, como também acho que trabalharia numa boa fora da Academia. Acredito que o único pré-requisito para me interessar por uma função seria a necessidade de pensar. Se tem que pensar, deve ser legal, seja como cientista ou piloto de testes de palavras-cruzadas.

Pensando bem, o fato de eu ter parado na pós-graduação tem muito a ver com uma vontade incrível de fazer alguma coisa que poucas pessoas consigam entender. Nem mesmo eu.

Acho que é isso...

Abraço!"

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Juliana Galaschi, do A Vergonha das Princesas
"'...pesquisar as diferenças de padrões de sons de moscas é uma grande questão?'

Bom, sou suspeita para responder a esse tipo de pergunta. É como pensar se elaborar uma hipótese evolutiva sobre um gênero de cigarrinhas é uma grande questão.

É um pedaço de quebra-cabeças. Perceber que resolver partes do quebra-cabeça colaboram para resolver (ou ao menos ter a intenção de resolver)a grande questão é o que torna a pesquisa tão gratificante.

Pensar em como escolhi a biologia, e especificamente a área acadêmica é um tanto curioso. Talvez porque tenha decidido na infância, meus motivos eram (e ainda são) pueris: eu queria saber como a vida funciona. Claro que o fato de ter sido criada em uma família de professores influenciou muito.

Enfim, acredito que tenha acabado parando na pesquisa por um egoísmo saudável, por essa satisfação pessoal de saciar a curiosidade de 'como a vida funciona'. Tô quase ficando louca, mas não me imagino fazendo outra coisa."
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Carlos Hotta, do Brotossauros em Meu Jardim, também escreveu um texto a respeito de sua paixão (vício) pela pesquisa científica.

Mais alguém gostaria de trazer suas reflexões para compartilhar?

quarta-feira, 5 de maio de 2010

Por que pesquiso?

O que leva uma pessoa a se embrenhar no mundo das ciências? Certo, a pergunta não é original. E eu não tenho uma resposta e talvez nem haja ou haja uma infinidade: cada pessoa tem suas razões que a motivam a tomar um caminho e não outro - e por vezes essas razões são obscuras até para si.

Ingressar em cursos de graduação de áreas científicas pode se dever à influência de um professor no ensino médio, a programas de televisão, aos pais (para seguir-lhes a carreira ou simplesmente irritá-los fazendo algo contrário ao desejo deles) ou talvez porque a concorrência para aquele curso era menor do que para o de medicina, engenharia ou direito. Mas, e depois? E quem continua o caminho da pós-graduação, do pós-doutorado, tenta uma vaga em alguma universidade de pesquisa? Pode ser por ter gostado mesmo do curso - ou então por tê-lo detestado e se debandado para uma área totalmente distinta -, influência de um outro professor (estou usado o masculino como genérico - naturalmente inclui as professoras), ter deixado o "piloto-automático" ligado (não é raro uma crise pós-defesa - logo depois do mestrado, quando se pensa: "e agora?", "é isso que quero para minha vida?"). Pode ser até por causa das bolsas - não são grandes coisas, mas só ver as filas que fazem para concursos públicos que pagam muito menos (aquela história de doutores no concurso para gari).

Há o lado desgastante da rotina do laboratório - como em qualquer outro trabalho. Às vezes há problemas de relacionamento - como em qualquer trabalho. Problemas pessoais que interferem no projeto e problemas de projeto que intereferem na vida pessoal ("ih! mau aê, galera, meu experimento micou e não vou poder ir na balada, tenho que refazer"). Mas qual a real compensação? É um modo de vida?

Existe reconhecimento social? Às vezes, sim. (Serei cabotino e usarei situações por que passei como exemplos). Em parte do meu círculo social, causa uma sensação de, como direi, deslumbramento ao saber que eu faço doutorado. E nessas horas eu penso: "Não é nada demais!" (penso e tento passar essa ideia). No Brasil, proporcionalmente não há tantas pessoas com pós-graduação. Em parte desse círculo também é motivo de certa admiração estudar em uma universidade pública de certo renome. Mesma coisa: "Não é bem assim!". Mas outras vezes, não, não há esse reconhecimento. Em parte (que pode até ser a mesma de outra) desse círculo, estudar não é exatamente algo útil, fazer ciência é coisa de quem não tem muito o que fazer: é uma brincadeira, um exercício de curiosidade. (E tento desfazer essa ideia.)

Essa contradição existe também em mim. Afinal, qual a utilidade de se estudar a emissão de sons por moscas? Há um interesse teórico nisso. [Um dos pontos mais candentes da Biologia é uma questão velha: como surgem as espécies? Sim, o grande pano de fundo é a grande teoria do titio Chuck (Darwin, não o Norris). Mas há detalhes nisso. São diversos modelos que explicam diferentes situações. Porém há elementos ainda não totalmente claros: algum processo é mais comum? um processo que vale em um caso pode valer para outro?] Mas, convenhamos, a pesquisa que eu faço não sai de graça, e quem paga é o contribuinte (a bolsa pode não ser grande coisa, mas há gastos com materiais, energia, funcionários e infraestrutura....) - há uma satisfação a dar. Sim, o conhecimento em si - se é que irá gerar algum (ei, estou me esforçando pra isso, sério) - é válido, porém há um retorno a se dar. Comentei de passagem essa questão aqui.

No entanto, isso seria uma motivação externa. O que os outros esperam de mim e de minha pesquisa. Mas por que me sujeito a esse tipo de cobrança? Isto é, uma vez que estou dentro, isso faz parte do jogo. Porém, por que estou jogando esse jogo? Poderia estar em outra - e não é apenas uma possibilidade genérica (eu poderia realmente estar em outra - eu voltei para os braços da ciência - passei por aquela crise pós-defesa logo após o mestrado, saí e não estava mal).

Oquei, parte do retorno foi também por uma motivação externa: "quando você vai fazer o doutorado?", "vai mesmo continuar a trabalhar com eventos?" De qualquer modo, e acho que estou sendo honesto quando digo isto, a motivação interna pesou mais: vou dizer que é pelo desafio intelectual (como se não fosse necessário planejamento na organização e realização de eventos), porém é um de natureza diferente. Se eu disser a palavra especulativo (ué, e eu não acabei de dizer/escrever?) poderão me interpretar mal. Mas é um modo de se indagar a respeito do funcionamento do mundo - do que convencionamos a chamar de natureza - que é um tanto distinto das questões com que lidamos em uma empresa. Claro, há paralelos que se podem traçar na resolução de problemas nas duas situações. É perfeitamente possível se aplicar um pensamento científico para, p.e., solucionar a aglomeração de pessoas em um dado local que comprometa a circulação dos visitantes. (Sim, haverá sérias restrições quanto ao tamanho amostral disponível. Por isso teóricos da administração, como médicos-pesquisadores, trabalham tanto com estudos de caso e não com sistema de teste-controle com resultados submetidos à análise estatística.)

Se eu disser que era a vontade de lidar com "grandes questões", seja lá o que isso seja, não estarei mentindo, mas: pesquisar as diferenças de padrões de sons de moscas é uma grande questão? A rigor não é. No entanto, eu sinto que há uma ligação mais imediata disso com o arcabouço teórico mais amplo por trás, do que entre a análise do sucesso de um evento pelo número de visitantes e respostas em formulários de satisfação e a teoria econômica.

Engraçado como nos dois casos tenho que desenvolver relatos do progresso do trabalho. E até demonstrá-lo numericamente. Embora, no segundo caso, jamais pudesse falar em nível de significância, teste de Tukey e coisas assim: era "o número de visitantes subiu 5% em relação ao ano passado", mesmo que isso, estatisticamente, não significasse nada. Não por enganação. Nunca. Mas simplesmente porque o que não significaria nada ao cliente é essa questão estatística. Já, se em meu relatório periódico de bolsista eu disser que a média da frequência fundamental do som da espécie 1 é 2,4 Hz maior do que a espécie 2 e pronto, o parecerista imediamente me questionaria se essa diferença tem algum significado estatístico e biológico - "é significativo?", "é", "mas então o que causa essa diferença? tamanho maior menor da asa?", "talvez". (Claro que se o total de visitantes tivesse caído, aí teríamos que buscar explicações, mas, de novo, pelo sistema heurístico - estaria sendo maldoso se dissesse agora "chutômetro".) Uma comparação que me vêm à mente é a diferença de linguagem entre o relatório do sumário executivo e a parte científica dos painéis do IPCC. No primeiro caso, há basicamente as explicitações das conclusões, quando muito uma argumentação resumida ligando A e B. No segundo caso, há toda a construção do argumento que resgata os antecedentes, os raciocínios intermediários são desenvolvidos e sustentados por uma pletora de dados e as conclusões são contrastadas com o que se sabia antes ou o que outras pesquisas encontraram.

Em um ambiente voltado ao ganho econômico - e não há censura nessa observação - toda essa argumentação são rodeios, coisas de desocupados. As coisas são (ou deveriam ser) pá-pum. Um "por outro lado", não que seja mal visto, mas não é bem vindo. De certo modo o oposto ocorre em um ambiente, digamos, acadêmico. E antes que os cientistas naturais torçam o nariz em desdém ao ambiente mercantil, é uma diferença simétrica a que muitos destes (os cientistas naturais) costumam achar do ambiente dos cientistas das humanas - "há volteios demais". Do ponto de vista acadêmico, porém, o que os empresários chamariam de eficiência comunicativa pode ser visto como debilidade interpretativa, ou, soltando os cachorros: preguiça intelectual.

Racionalmente não coaduno com a etiqueta da preguiça intelectual para os procedimentos empresariais, mas eu sentia falta do "mas". E, em parte, é isso também que mais me atrai à Biologia do que, digamos, à Química ou à Física. Em Biologia nunca podemos dizer "nunca" e sempre devemos evitar o "sempre". Em Física todos os elétrons são iguais, em Biologia nenhum indivíduo é igual, exceto os clones (e ainda temos que fazer a exceção da exceção - observando que mesmo clones podem apresentar diferenças entre si). Essa diversidade entre elementos que de outro modo são iguais - o que Mayr chamou de biopopulação (e eu acho que 'bio' é redundante - embora possamos ter populações não biológicas, seria mais o caso de criar um termo para estas) - é um "memento mori" constante alertando para as armadilhas das generalizações apressadas, das denegações precipitadas. E, se de um lado pede cautela em nossas afirmações e negativas, de outro, instiga-nos com um "decifra-me": bilhões e bilhões de pequenos mistérios (ei, sem conotações místicas, tá?) que tecem o quadro maior (ou seria melhor dizer "pintam"). É um tempero, a pimenta que nos diz "sou perigosa, estou queimando sua língua" (sei, pimentas não falam - ou pelo menos acredita-se que as pimentas de modo geral não falem) ao mesmo tempo em que sua ardência é exatamente o que almejamos para "colorir" o paladar de algo que, de outro modo, não teria tanta graça em mastigar. Não, seus pervertidos, não pensem em uma sessão sadomasô à luz de um microscópio. Pensem, antes, na teoria do humor (a da incongruência - há outras) que advoga que a essência do humor está no paradoxo, no jogo dos contrários. É por isso que, pra mim, a Ciência (em particular a Biologia) é divertida. É essa contradição que me motiva. Essa contradição que também existe dentro do mim.

Mas essa não é a história toda.

Upideite(12/fev/2012): Há uma subárea nova da psicologia dedicada à questão. Uma reportagem de Sabine Righetti publicada hoje na Folha Online aborda a questão.

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