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quarta-feira, 23 de junho de 2010

O que é gene repórter afinal?

Às vezes estamos tão mergulhados nos jargões de nossa ocupação que mal nos damos conta deles. É preciso uma voz externa a nos perguntar: "o que você disse?" para nos despertar de um certo transe ocupacional.

Por exemplo, nunca me preocupei em explicar o nome "Gene Repórter" para este blogue. Para mim, era um trocadilho mais ou menos óbvio com uma técnica da biologia molecular e o ato de reportar ou relatar fatos, ocorrências, fenômenos, etc. para quem não estava no local.

Mas várias pessoas procuram, segundo o Google Analytics delata, por "gene repórter". Sei que elas devem ficar frustradas.

Sendo bem sucinto, um gene-repórter é um gene que, na técnica de engenharia genética (como transgenia), é inserido conjuntamente com outros genes (ou sequências) de interesse. A atividade do gene repórter pode ser acompanhada mais facilmente - por exemplo, o gene da aquaporina produz uma proteína fluorescente verde (ela brilha no escuro e produz uma luz esverdeada), se esse gene é colocado junto com um outro gene A, se a célula (ou o organismo) apresentar um brilho esverdeado, então é quase certo que o gene A também estará presente. Então esse gene reporta - daí o nome - a presença de outro gene, que é o de interesse. (Não precisa ser exatamente um gene, pode ser uma sequência qualquer - por exemplo, uma que *iniba* a atividade de outro gene.) Aqui tem um vídeo com mais detalhes da técnica.

O scibling (agora acho que posso chamá-lo de scibling) Igor Zolnerkevic (do Universo Físico) quem me chamou a atenção. Ele é divulgador de ciências, mas só foi saber o que era gene-repórter quando fez uma reportagem sobre a bioluminescência do Phrixothrix hirtus - seu gene de luciferina leva à produção de um brilho avermelhado e pode ser utilizado nas pesquisas sobre câncer (leia a reportagem aqui - só uma picuinha da patrulha purista vocabular, lagarta é o nome da larva de lepidópteros - mariposas e borboletas -, o P. hirtus é um coleóptero - besouro vagalume fengodídeo). Claro, ele é físico de formação. Eu certamente ignoro um monte de nome de fenômenos, técnicas e efeitos da física (e de química, da história, da farmacêutica, da geologia, da geografia, da sociologia, da matemática... e mesmo de várias áreas da biologia).

Pronto, aos paraquedistas que contribuem involuntariamente com a audiência deste blogue, espero ter pagado minha dívida.

Isso explicado o leitor notará que o que menos se fala neste blogue é de genes e, somado ao fato de eu não ser jornalista, o nome "Gene Repórter" pode soar enganoso. Minhas desculpas por isso também.

sexta-feira, 18 de junho de 2010

Nem tudo que doureja é lúzio 2

Um pouco mais da gaiata ciência.

terça-feira, 15 de junho de 2010

Plágio? 4

A Biochemical Pharmacology cancelou (retracted) o artigo Sant'Ana et al. 2008, da equipe do Prof. Dr. Andreimar Soares.

Os autores já haviam reconhecido o problema da reprodução das fotografias - atribuindo a um erro involuntário.

Diz a nota de cancelamento:
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"This article has been retracted at the request of the Editor-in-Chief and Author. Please see Elsevier Policy on Article Withdrawal (http://www.elsevier.com/locate/withdrawalpolicy). Reason: The authors have plagiarized transmission electron microscopy figures published by others in Antimicrob. Agents Chemother., 47 (2003) 1895–1901; doi:10.1128/AAC.47.6.1895-1901.2003). As such this article represents a severe abuse of the scientific publishing system. The scientific community takes a very strong view on this matter and we apologize to readers of the journal for this incident."
["Este artigo foi cancelado a pedido do editor-chefe e do autor. Por favor veja Política de Remoção de Artigo da Elsevier.
Justificativa: Os autores plagiaram as imagens de microscopia eletrônica de transmissão publicadas por outros em Antimicrob. Agents Chemother., 47 (2003) 1895-1901. Assim este artigo representa um sério abuso do sistema de publicação científica. A comunidade científica tem uma opinião muito forte sobre essa questão e pedidmos desculpas aos leitores do jornal pelo incidente."]
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(Via Adusp.)

A nota de cancelamento menciona apenas as fotos, não fala a respeito dos trechos virtualmente idênticos.

Não sei em que pé está a investigação interna da USP. Imagino que já foi concluída, mas não sei o desfecho.*

Não sabia, mas foi o Informativo Adusp o primeiro a dar a notícia a respeito do plágio em novembro do ano passado. Segundo a Adusp, a Folha publicou depois, usando o que foi publicado pelo jornal da entidade, mas não citou a fonte.

*Upideite(16/jun/2010): a sindicância ainda está em andamento.

*Upideite(20/jan/2011): a comissão decidiu pela demissão do docente e cancelamento do título de doutorado da aluna.

Divagação científica: divulgando ciências cientificamente 11

Inna Kouper publicou recentemente um trabalho em que analisa 11 blogues de temática científica - o modo como interagem com seu público leitor. Seguem minhas anotações sobre o artigo.

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Kouper, I. 2010. Science blogs and public engagement with science: practices, challenges, and opportunities. Journal of Science Communication 9(1): 1-10. Jcom0901(2010)A02.pdf

Os seguintes elementos ('modos de participação'/'modes of participation') são considerados como importantes facilitadores do envolvimento do público na discussão sobre ciências:
1) informar aos leitores sobre novidades/notícias científicas,
2) explicar matérias complicadas de um modo compreensível ao público leigo,
3) avaliar os achados das pesquisas e as alegações feitas por outras pessoas,
4) articular o posicionamento do autor do blogue em relação a questões controversas.

Sinais de engajamento público em relação às ciências incluem pelo menos os seguintes elementos:
a) ambos, cientistas e não-cientistas, estão envolvidos na blogagem,
b) a maior parte do conteúdo das postagens e dos comentários dizem respeito às ciências e às questões científicas,
c) ambos, os autores dos blogues e os leitores, estão engajados nas atividades acima mencionadas.

Metodologia
A análise focou nos participantes, fontes usadas pelos blogues e conteúdos tópicos, e modos de participação: comentários e postagens foram analisados. Os dados foram coletados no verão de 2008 - a amostragem de blogues foi definida buscando-se pelas expressões 'science blogs' e 'blogs about science' e através do noticiário sobre ciências.

Em blogues mais ativos, os dados analisados foram referentes a cinco dias de atividade; entre os menos ativos, foram coletados dados de 30 dias de atividade. (Para um dos blogues: BioEthics, incluíram-se postagens e comentários desde o mês de abril - pela atividade muito baixa durante o mês de julho.) O número de comentários analisados por postagem foi limitado aos 15 primeiros.

Tamanho amostral:
11 blogues, 174 postagens, 1.409 comentários.

Os blogues analisados foram:
Pure Pedantry, Synthesis, MicrobiologyBytes, Wired Science, BioEthics, DrugMonkey, Scientific Activist, Pharyngula, Panda's Thumb, ScienceBlog, Cosmic Variance

Resultados
Os blogues eram muito heterogêneos em suas características, não se constituindo em um gênero de comunicação científica - nem havia sinais de gênese de um novo gênero.

Fontes
As principais fontes de postagens foram: experiências pessoais, notícias na mídia (incluindo outros blogues) e artigos científicos (cerca de 15% das postagens para cada tipo de fonte). Outras fontes foram sítios web de agregação como digg.com, comentários, comunicações pessoais, TV e vídeo.

Experiências pessoais e notícias em outras mídias geraram mais postagens sobre posições políticas e outras questões não estritamente científicas.

Temas
A figura abaixo mostra a nuvem de palavras-chave dos tópicos.

(A intensa atividade dos blogues Pharyngula e Panda's Thumb fez destacar a questão do criacionismo-evolução.)

Modos de participação
A análise dos modos de participação resultou em ações agrupadas em quatro grandes categorias:
a) contribuição ao tópico: relato(reportagem), argumentação, explicação ou questões de esclarecimento);
b) desvio do tópico: digressão, agressão, autopromoção;
c) expressão de atitudes e emoção: aprovação, desaprovação, gratidão, lamento ou partilha de experiências pessoais;
d) tentativa de influenciar a ação de outros: conselho, recomendação, pedido ou proposta.

Todos estiveram igualmente representados, sem tendência de predominância de um tipo de ação sobre outra.

Autores
Todos ligados às ciências: estudantes de pós-graduação, pesquisadores, editores, escritores e jornalistas de ciências.

Modos de comunicação
Para cada blogue, um ou dois modos de comunicação predominavam na postagem, outros modos surgindo ocasional e raramente.
-Modo reportagem: informe de eventos ou descrição breve de um documento externo (frequente uso de exageros e generalizações - pode tornar a leitura mais chamativa, mas com prejuízo da precisão da informação);
-Modo explicativo: texto que procura tornar a informação mais básica e compreensível (tentativas de tornar algo compreensível não necessariamente são bem sucedidas)
-Modo avaliativo: descrição de elementos de uma postagem em termos positivos ou negativos como: bom, ruim, interessante... (permite ao autor expressar sua opinião sem se alongar em argumentos; serve como recomendação, indicação de afiliação a grupos ou convite à contribuição - avaliações emocionais e até insultos foram comuns neste modo);
-Modo de anúncio: publicidade a eventos e fontes de informação;
-Modo resumo de documentos: descrição detalhadas de artigos científicos e ensaios (frequentemente se fez presente alguns termos altamente técnicos e, em geral, demandam do leitor algum conhecimento maior da área);

Leitores
Também com alguma ligação com as ciências (não são exatamente leigos): estudantes de pós-graduação, pós-doutorandos, funcionários e professores de faculdades, pesquisadores de várias áreas.

Interesse dos leitores em determinados blogues depende de:
a) necessidade de obter informações e notícias de áreas mais amplas;
b) desejo de aprender sobre o desenvolvimento de outras áreas científicas;
c) vontade de conversar com pessoas com pensamentos similares.

A maioria dos comentários eram curtos, expressando os sentimentos dos leitores e divergindo do tema da postagem. Menor parte trazia contribuições: novas ideias, questões que não de esclarecimentos e respostas a essas questões.
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A autora reconhece a limitação do tamanho amostral. Sugere que os resultados sejam vistos como hipóteses a serem avaliadas em outros estudos. De minha base observacional, não quantitativa, igualmente limitada da blogocúndia cientófila brasileira, parece que são características compartilhadas.

Via @cienciahoje

sexta-feira, 11 de junho de 2010

Eu num tubo de ensaio

Estreei dia 07/jun/2010 no Scienceblogs Brasil, dentro do espaço Tubo de Ensaios (primordialmente dedicado à formação de novos blogueiros, mas por ora funcionando como portão de entrada de novos projetos no SBBr).

Novo projeto significa que não irei reproduzir o que já faço aqui neste Gene Repórter - que continuará neste endereço. Na verdade não irei falar de Biologia (há já ótimos blogues de temas biológicos: Brontossauros em Meu Jardim, Ciência à Bessa, Discutindo Ecologia, Rainha Vermelha, Rastro de Carbono, RNAm...). Sobre o que eu irei falar? Só ir lá conferir. (Claro que é mais provável que o leitor solitário - ou a leitora - deste blogue já terá sabido antes lá mesmo no SBBr.)

Outro tuboensaísta que já fez sua estreia é Joey "Fernando Heering" Salgado do Botecagem S.A. (Joey Salgado é o verdadeiro nome dele, Fernando Heering é o apelido que botaram na certidão de nascimento), confira aqui.

Upideite(08/jul/2010): Quem também está no Tubo de Ensaios é a psicóloga Ana Arantes, do Divã de Einstein, leia aqui a primeira postagem.

terça-feira, 8 de junho de 2010

Ciência em carne e osso

A exposição 'Corpos' na Oca do Ibirapuera em São Paulo traz corpos humanos preservados pela técnica da plastinação - com o uso de resinas plásticas. A exibição vai até 8 de agosto.

Mas há também uma pequena coleção em museus e exibições privadas de partes de corpos de cientistas famosos espalhada mundo afora.

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Bexiga de Spallanzani. No Museu de História da Universidade de Pávia, na Sala Scarpa, entre outras peças, encontra-se a bexiga deformada por um câncer de próstata de Lazzaro Spallanzani, padre e fisiologista de Pávia (aquele das calças anticoncepcionais de sapos).

Cabeça de Scarpa. Na mesma sala em que se encontra a bexiga de Spallanzani, a cabeça do cientista que dá nome ao local: o oftalmologista italiano Antonio Scarpa, é mantida em uma caixa.*

Crânio de Cope. O paleontólogo americano Edward Drinker Cope que, contra Othniel Charles Marsh, protagonizou a Guerra de Ossos - uma corrida (um tanto destrutiva) na busca de ossos de dinossauros -, tinha seu crânio na coleção do Museu de Antropologia e Arqueologia da Universidade da Pensilvânia. Os fotógrafos americanos Louis Psihoyos e John Knoebber em seu livro (Hutting Dinosaurs) relatam que teriam levado o crânio de Cope para o paleontólogo americano Robert T. Bakker descrevê-lo e propor como espécime tipo da espécie Homo sapiens. A Universidade da Pensilvânia duvida que o crânio apresentado por Psihoyos seja de Cope e dá o espécime como perdido. (Em 1959, W.T. Stearn em um artigo no Systematic Zoology propôs que o próprio Lineu fosse designado como espécime tipo.)

Cérebro de Einstein. O médico patologista Thomas Harvey subtraiu o cérebro do famoso físico alemão naturalizado americano durante a autópsia e o guardou por mais de 40 anos. O escrito de ciências Michael Paterniti narra em um livro (Driving Mr. Einstein) sua aventura ao dirigir levando, a pedido do Dr. Harvey, de volta o órgão para a neta de Einstein.

Cérebro de Broca. A massa encefálica do médico e antropologista francês Paul Broca encontra-se em exposição no Museu do Homem em Paris. O finado astrofísico americano Carl Sagan conta as reflexões trazidas à sua mente quando foi atrás da peça (Broca's Brain).

Cérebro de Babbgage. Parte do cérebro do matemático britânico (e pai da máquina analítica, predecessor mecânico do computador, que só teria um protótipo funcional criado a partir de seu projeto séculos após sua morte, mas para o qual Ada Lovelace desenvolveria o primeiro computador antes mesmo de vir a existir fisicamente) Charles Babbage era exibida na galeria matemática do Museu de Ciências de Londres. Outra, fica no Museu Hunteriano do Royal College of Surgeons.*

Corpo de Bentham. O filósofo utilitarista inglês Jeremy Bentham tem seu corpo preservado sentado em um cadeira no Claustro Sul da University College London. A cabeça original foi substituída por uma réplica em cera sobre o corpo, enquanto aquela repousa no chão, entre os pés do corpo de Bentham.*

Dente e polegar de Galileu. O colecionador italiano Alberto Bruschi adquiriu em outubro de 2009 algumas relíquias religiosas. Em meio aos objetos encontrou um dente e um polegar que descobriu serem do matemático e astrônomo de Pisa. Outro dedo e uma vértebra também foram conservados.
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À medida em que eu encontrar mais informações, esta lista poderá crescer.

*Upideite(31/out/2015): adido a esta data.

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