Guitarra - gênero de esponjas. (Nos comentários, Roberto Berlinck, do Química de Produtos Naturais, explica que o nome se deve ao fato de as espículas terem o formato de um violão.**)
Harpa - gênero de caramujos marinhos predadores.
Viola - gênero de plantas floríferas que inclui as violetas.
Tuba - gênero de poliquetos. Aparentemente há também gastrópodos marinhos, mas não sei em que pé está a questão (em nomenclatura zoológica não é possível se atribuir o mesmo nome para organismos distintos, havendo o critério de antiguidade: o organismo para o qual o nome foi atribuído primeiro retém a designação, devendo ser os demais renomeados).
Moraea vuvuzela - planta Iridaceae batizada em homenagem às infames vuvuzelas.
Aranha-violino - outra designação da aranha-marrom (gênero Loxosceles).
Besouro-violino - besouro asiático de mais de 10 cm de comprimento (Mormolyce phyllodes).
Cação-viola - na verdade, uma raia (Rhinobatos percellens).
Pássaro-lira - ave australiana do gênero Menura, cujo macho possui penas desenvolvidas que lembra a uma lira.
Peixe-banjo - bagres da família Aspredinidae.
Peixe-flauta - também chamado de peixe-cachimbo arlequim (Solenostomus paradoxus), parente do cavalo-marinho.
Peixe-trombeta - às vezes também chamado de peixe-flauta (Aulostomus maculatus), também parente, mais distante, do cavalo-marinho.*
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O instrumento musical mais antigo já encontrado é uma flauta feita de osso de asa de abutre datado de cerca de 35 mil anos atrás.***
Conchas de gastrópodos marinhos têm sido usadas como instrumentos de sopro por diferentes povos pelo globo.
Chimpanzés podem se comunicar batucando raízes tabulares com as mãos ou os pés. Também costumam produzir sons por "leaf-clipping": estalos produzidos quando mordiscam e rasgam folhas.
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*Upideite(30/mar/2011): peixe-trombeta ou peixe-corneta (como lembrou @luciamalla nos comentários) é a designação não apenas de peixes Aulostomidae, mas também de Fistularidae.
**Upideite(13/abr/2011): adido a esta data.
***Upideite(26/mai/2012): um novo achado, Geissenkloesterle, Alemanha, recua data do mais antigo instrumento conhecido - também flautas - para 42 a 43 mil anos atrás.
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